Bảo quản vắc xin trong buổi tiêm chủng là khâu cuối cùng trước khi vắc xin được sử dụng cho đối tượng tiêm chủng. Tại điểm tiêm chủng  phích vắc xin được sử dụng để bảo quản vắc xin trong buổi tiêm chủng. Những lọ vắc xin đã mở trong buổi tiêm chủng sẽ tiếp xúc trực tiếp với môi trường bên ngoài nên nếu bảo quản không đúng thì vắc xin rất dễ bị hỏng do tiếp xúc với nhiệt độ cao hoặc tăng nguy cơ nhiễm khuẩn đối với lọ vắc xin nhiều liều. Tùy vào thời gian tổ chức  tiêm chủng cần có bình tích lạnh hoặc đá lạnh thay thế nếu đá trong bình tích lạnh bị tan hết và nhiệt độ trong phích vắc xin không đảm bảo.

Trong thời gian vừa qua thực hiện chỉ đạo của Bộ Y tế về việc bảo đảm an toàn tiêm chủng, các cơ sở y tế thực hiện tiêm chủng mở rộng phải bảo đảm các điều kiện về tiêm chủng an toàn, nhất là tại các trạm y tế xã, thị trấn, phường. Để thực hiện một cách đầy đủ, đúng quy trình bảo quản vắc xin trong buổi tiêm chủng các trạm y tế thực hiện tiêm chủng mở rộng cần lưu ý một số vấn đề trong quá trình chuẩn bị và bảo quản vắc xin trong buổi tiêm chủng như sau:

Trước hết là chuẩn bị phích vắc xin và đóng gói vắc xin: Kiểm tra bình tích lạnh bằng cách lắc và nghe thấy tiếng nước óc ách là được; Xếp bình tích lạnh vào bốn thành xung quanh và dưới đáy của phích vắc xin; Đóng gói các hộp vắc xin để nắp lọ vắc xin quay lên trên; Gói vắc xin và dung môi vào túi ni lông và xếp vào giữa phích vắc xin; Để nhiệt kế cùng với vắc xin (phía ngoài túi ni lông); Để miếng xốp ở trên cùng và đóng chặt nắp phích lạnh.

       Trong buổi tiêm chủng: Đặt phích vắc xin ở chỗ mát; Đóng chặt nắp phích vắc xin, chỉ mở khi có người đến tiêm chủng; Miếng xốp trong phích vắc xin có những đường rạch nhỏ để cài lọ vắc xin, những lọ vắc xin nhiều liều đã mở phải được cài vào đường rạch nhỏ trên miếng xốp trong phích vắc xin trong suốt buổi tiêm chủng; Kiểm tra bình tích lạnh đã đươc làm tan đá bên trong, kiểm tra nhiệt kế để đảm bảo nhiệt độ ở +2°C đến +8°C; Trường hợp bình tích lạnh đã tan hết đá bên trong (hoặc đá trong phích vắc xin đã tan hết) cần phải thay bình tích lạnh hoặc bổ sung thêm đá.

Khi kết thúc buổi tiêm chủng, để những lọ vắc xin chưa mở vào tủ lạnh và đặt trong hộp “ưu tiên sử dụng trước” và cần được sử dụng sớm trong buổi tiêm chủng tiếp theo.