Cơ cấu tổ chức bộ máy:

1. Lãnh đạo TTYT gồm: Giám đốc và 2 phó Giám đốc

2. Các phòng chức năng thuộc Trung tâm Y tế huyện Phú Vang

2.1. Phòng Tổ chức - Cán bộ

2.2. Phòng Hành chính - Quản trị

2.3. Phòng Kế hoạch - Nghiệp vụ

2.4. Phòng Tài chính - Kế toán

2.5. Phòng Điều dưỡng

3. Các khoa chuyên môn thuộc Trung tâm Y tế huyện Phú Vang

3.1. Khoa Kiểm soát bệnh tật và HIV/AIDS

3.2. Khoa Y tế công cộng 

3.3. Khoa An toàn thực phẩm và Dinh dưỡng

3.4. Khoa Chăm sóc sức khỏe sinh sản

3.5. Khoa Khám bệnh

3.6. Khoa Hồi sức cấp cứu - TCCĐ

3.7. Khoa Nội tổng hợp

3.8. Khoa Nhi

3.9. Khoa Ngoại tổng hợp

3.10. Khoa Gây mê hồi sức

3.11. Khoa Y học cổ truyền

3.12. Khoa Liên chuyên khoa (Răng Hàm Mặt-Mắt-Tai Mũi Họng)

3.13. Khoa Truyền nhiễm

3.14  Khoa Phục hồi chức năng

3.15. Khoa Kiểm soát nhiễm khuẩn

3.16. Khoa Xét nghiệm

3.17. Khoa Chẩn đoán hình ảnh

3.18. Khoa Dược - Vật tư - Trang thiết bị y tế

3.19. Phòng Dân số - TTGDSK

4. Các Trạm Y tế xã, thị trấn: gồm 14 Trạm Y tế

4.1. Trạm Y tế xã Phú An              4.8. Trạm Y tế xã Vinh Xuân

4.2. Trạm Y tế xã Phú Diên           4.9. Trạm Y tế thị trấn Phú Đa

4.3. Trạm Y tế xã Phú Hải             4.10. Trạm Y tế xã Phú Xuân

4.4. Trạm Y tế xã Phú Hồ              4.11. Trạm Y tế xã Phú Mỹ

4.5. Trạm Y tế xã Phú Lương        4.12. Trạm Y tế xã Vinh Hà

4.6. Trạm Y tế xã Vinh Thanh        4.13. Trạm Y tế xã Vinh An       

4.7. Trạm Y tế xã Phú Thuận         4.14. Trạm Y tế xã Phú Gia